Con la llegada de San Tesifón (Siglo I) comienza la época paleocristiana de Berja. De entonces nos han llegado monedas, cruces y sobretodo un soberbio sarcófago encontrado en la barriada de Alcaudique, único en su género, que fue cedido al Museo Arqueológico Nacional, donde se puede admirar, existiendo una reproducción del mismo en el Museo Arqueológico de Almería.

Desde el paraje de Villavieja, los antiguos pobladores se fueron desparramando por la Vega, después de que un terremoto destruyera la antigua ciudad en el Siglo V. Uno de estos núcleos de población fue el que prevaleció y vino a dar nombre definitivo a la ciudad en tiempos de los árabes. Tras ser conquistada Berja por los árabes, éstos construyeron una alcazaba, aprovechando el antiguo recinto amurallado de los romanos y se convirtió en la "Medina Barcha" musulmana, siendo una de las doce "tahas" en que los árabes dividieron la Alpujarra. De esta época se conservan unos baños en una finca de propiedad municipal en el barrio de Benejí. Tomada por los cristianos en 1.489 al mismo tiempo que la Reconquista del Reino de Granada, fue cedida por los Reyes Católicos al Rey Boabdil el Chico, quien, al poco tiempo de marcharse definitivamente para África, la vendió junto con otros lugares y tierras del Andarax al Rey Fernando el Católico.

La convivencia entre los nuevos pobladores cristinaos y los moriscos resultó difícil, debido al incumplimiento de las Capitulaciones pactadas y al os diversos levantamientos, estallando definitivamente el conflicto con la Rebelión de los Moriscos en las "Navidades de Sangre" de 1.568, donde fueron asesinados la mayoría de ls cristianos que habitaban estas tierras. Una vez sofocada la sublevación, Berja quedó prácticamente despoblada, salvo algunos destacamentos militares, siendo repoblada por el Comisario Gaspar de Ávila con unos 200 vecinos en los cinco lugares o pagos que formaban entonces la población: Capilerira, Pago, Julbina, Benejí y Alcaudique.

Esta nueva repoblación cristiana, cuyos apellidos son los mismos de la actualidad, luchó por mantener la agricultura como en tiempos de los moriscos de Berja. En esta etapa se plantaron infinidad de morales para la cría del gusano de seda, originando una importante industria textil, hoy desaparecida.

Desde comienzos de la Edad Moderna, Berja perteneció en el terreno administrativo a la Alcaldía Mayor de Las Alpujarras, con sede en Ugíjar, dentro del antiguo Reino de Granada, hasta que por Real Orden de 29 de Octubre de 1753, fue ascendida a Alcaldía Mayor. El 25 de agosto de 1.804, un terremoto destruyó gran parte de la población.

En el año 1.833, el motrileño afrancesado Francisco Javier de Burgos dividió España en provincias y a la comarca de la Alpujarra en dos zonas: una quedó en la provincia de Granada y otra pasó a formar parte de Almería, disputándose la ciudad de Berja el privilegio de ser capital de la provincia recién creada, junto con Baza y la propia ciudad de Almería.

Finalmente, en la segunda mitad del siglo XIX cambia la fisonomía de la ciudad, y al amparo de la Revolución Industrial, comenzó de manera intensiva la explotación de las minas de plomo en la Sierra de Gádor, iniciándose una etapa de gran esplendor para Berja, que llegó a reunir en el año 1.893 a más de 20.000 mineros y 10.000 jornaleros, y que consiguió regular el precio del plomo mundial. De esta floreciente etapa minera se observa un importante patrimonio industrial en la Sierra de Gádor, con numerosos vestigios como restos de pozos, fundiciones y galerías, además de las numerosas casas señoriales que se construyeron en esos años y que hoy forman su casco histórico y monumental. Como consecuencia de este florecimiento económico y “en consideración a la importancia que por el aumento de población y desarrollo de su industria y comercio” había alcanzado Berja, el rey Alfonso XII le concedió el título de Ciudad, el 28 de noviembre de 1876.

Tras la decadencia de la minería, en el último tercio del siglo XIX, surgió una nueva fuente de riqueza que cambió la fisonomía de la vega virgitana, con la llegada de los parrales de la uva de mesa (la famosa uva “del barco”), que gracias a su resistencia, se exportaba al extranjero –almacenada en barriles- desde el puerto de Almería. Este fue el principal cultivo de la agricultura virgitana hasta los años ochenta del pasado siglo, cuando se abandonó para implantar los invernaderos, que hoy en día son el primer pilar económico del municipio.